MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Mesorhizobium loti MAFF303099 plasmid pMLa

Total Repeats: 5819

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002679	GCG	2	6	2220	2225	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488180
2	NC_002679	GA	3	6	2241	2246	50 %	0 %	50 %	0 %	13488180
3	NC_002679	TCC	2	6	2249	2254	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488180
4	NC_002679	CGC	2	6	2270	2275	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488180
5	NC_002679	CCA	2	6	2334	2339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488180
6	NC_002679	CCG	2	6	2440	2445	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488180
7	NC_002679	GCT	2	6	2510	2515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488180
8	NC_002679	TCCT	2	8	2594	2601	0 %	50 %	0 %	50 %	13488180
9	NC_002679	AGT	2	6	2746	2751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488180
10	NC_002679	CGC	2	6	2882	2887	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488180
11	NC_002679	GGT	2	6	2966	2971	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	13488180
12	NC_002679	GAAAA	2	10	3052	3061	80 %	0 %	20 %	0 %	13488180
13	NC_002679	GCC	2	6	3072	3077	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488180
14	NC_002679	GC	3	6	3119	3124	0 %	0 %	50 %	50 %	13488180
15	NC_002679	CG	3	6	3151	3156	0 %	0 %	50 %	50 %	13488180
16	NC_002679	GCA	2	6	3165	3170	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488180
17	NC_002679	GCT	2	6	3203	3208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488180
18	NC_002679	AGC	2	6	3237	3242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488180
19	NC_002679	ACC	2	6	3900	3905	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488323
20	NC_002679	TCGC	2	8	3928	3935	0 %	25 %	25 %	50 %	13488323
21	NC_002679	TGC	2	6	3954	3959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488323
22	NC_002679	G	6	6	4021	4026	0 %	0 %	100 %	0 %	13488323
23	NC_002679	CCA	2	6	4034	4039	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488323
24	NC_002679	CGT	3	9	4057	4065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488323
25	NC_002679	GAT	2	6	4070	4075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488323
26	NC_002679	TGA	2	6	4467	4472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488342
27	NC_002679	TTC	2	6	4499	4504	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	13488342
28	NC_002679	CGG	2	6	4513	4518	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488342
29	NC_002679	CCG	2	6	4541	4546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488342
30	NC_002679	TGC	2	6	4679	4684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488051
31	NC_002679	ATG	2	6	4710	4715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488051
32	NC_002679	CCGT	2	8	4793	4800	0 %	25 %	25 %	50 %	13488051
33	NC_002679	GGTT	2	8	4870	4877	0 %	50 %	50 %	0 %	13488051
34	NC_002679	GTC	2	6	5030	5035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488051
35	NC_002679	CAA	2	6	5053	5058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	13488051
36	NC_002679	CGC	2	6	5158	5163	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488051
37	NC_002679	TCA	2	6	5295	5300	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488051
38	NC_002679	CA	3	6	5406	5411	50 %	0 %	0 %	50 %	13488051
39	NC_002679	TGT	2	6	5509	5514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488051
40	NC_002679	CAG	2	6	5531	5536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488051
41	NC_002679	C	6	6	5685	5690	0 %	0 %	0 %	100 %	13488051
42	NC_002679	CCG	2	6	5746	5751	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488051
43	NC_002679	CG	3	6	5756	5761	0 %	0 %	50 %	50 %	13488051
44	NC_002679	TCC	2	6	5876	5881	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488051
45	NC_002679	G	7	7	5912	5918	0 %	0 %	100 %	0 %	13488051
46	NC_002679	CGG	2	6	5929	5934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488051
47	NC_002679	TCC	2	6	5939	5944	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488051
48	NC_002679	GCT	2	6	5955	5960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488051
49	NC_002679	TGA	3	9	5990	5998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488051
50	NC_002679	CTT	2	6	6013	6018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	13488051
51	NC_002679	CAG	2	6	6040	6045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488051
52	NC_002679	CAC	2	6	6070	6075	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488051
53	NC_002679	AGA	2	6	6550	6555	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	13488179
54	NC_002679	ATA	2	6	6556	6561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	13488179
55	NC_002679	CAAGA	2	10	6567	6576	60 %	0 %	20 %	20 %	13488179
56	NC_002679	GTA	2	6	6621	6626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488179
57	NC_002679	A	6	6	6711	6716	100 %	0 %	0 %	0 %	13488179
58	NC_002679	CAC	2	6	6717	6722	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488179
59	NC_002679	GA	3	6	6763	6768	50 %	0 %	50 %	0 %	13488179
60	NC_002679	GCA	2	6	6853	6858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488179
61	NC_002679	TGC	2	6	6930	6935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488052
62	NC_002679	AG	3	6	6975	6980	50 %	0 %	50 %	0 %	13488052
63	NC_002679	GAT	2	6	7013	7018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488052
64	NC_002679	TC	3	6	7056	7061	0 %	50 %	0 %	50 %	13488052
65	NC_002679	GCC	2	6	7257	7262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488052
66	NC_002679	TGC	2	6	7298	7303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488052
67	NC_002679	ATGC	2	8	7305	7312	25 %	25 %	25 %	25 %	13488052
68	NC_002679	ATC	2	6	7322	7327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488052
69	NC_002679	GAAC	2	8	7333	7340	50 %	0 %	25 %	25 %	13488052
70	NC_002679	GGC	2	6	7423	7428	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488052
71	NC_002679	CCT	2	6	7489	7494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488052
72	NC_002679	CAG	2	6	7537	7542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488052
73	NC_002679	GAA	2	6	7602	7607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	13488052
74	NC_002679	TCG	2	6	7644	7649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488052
75	NC_002679	TTG	2	6	7671	7676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488052
76	NC_002679	CAA	2	6	7880	7885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	13488052
77	NC_002679	CCG	2	6	7905	7910	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488052
78	NC_002679	TCG	2	6	9655	9660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488053
79	NC_002679	GC	3	6	9737	9742	0 %	0 %	50 %	50 %	13488053
80	NC_002679	GAT	2	6	9765	9770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488053
81	NC_002679	TTCC	2	8	9791	9798	0 %	50 %	0 %	50 %	13488053
82	NC_002679	TTGGT	2	10	9927	9936	0 %	60 %	40 %	0 %	13488053
83	NC_002679	GCA	2	6	9938	9943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488053
84	NC_002679	CTGG	2	8	9957	9964	0 %	25 %	50 %	25 %	13488053
85	NC_002679	ACCC	2	8	9969	9976	25 %	0 %	0 %	75 %	13488053
86	NC_002679	GCC	2	6	10026	10031	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488053
87	NC_002679	GTCG	2	8	10037	10044	0 %	25 %	50 %	25 %	13488053
88	NC_002679	AAGA	2	8	10077	10084	75 %	0 %	25 %	0 %	13488053
89	NC_002679	CGT	2	6	10146	10151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488053
90	NC_002679	GTC	2	6	10212	10217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488053
91	NC_002679	TGA	2	6	10250	10255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488053
92	NC_002679	CCG	2	6	10315	10320	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488053
93	NC_002679	GAT	2	6	10337	10342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488053
94	NC_002679	CCTTCT	2	12	10385	10396	0 %	50 %	0 %	50 %	13488053
95	NC_002679	TCGT	2	8	10399	10406	0 %	50 %	25 %	25 %	13488053
96	NC_002679	CCA	2	6	10618	10623	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488054
97	NC_002679	TGC	2	6	10638	10643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488054
98	NC_002679	AGCCC	2	10	10691	10700	20 %	0 %	20 %	60 %	13488054
99	NC_002679	CCT	2	6	10735	10740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488054
100	NC_002679	CGTT	2	8	10749	10756	0 %	50 %	25 %	25 %	13488054
101	NC_002679	GTT	2	6	10979	10984	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488054
102	NC_002679	TTTCTA	2	12	11008	11019	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	13488054
103	NC_002679	CAA	2	6	11100	11105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	13488054
104	NC_002679	AAAT	2	8	11118	11125	75 %	25 %	0 %	0 %	13488054
105	NC_002679	GAG	2	6	11159	11164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	13488054
106	NC_002679	CAG	2	6	11195	11200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488054
107	NC_002679	GTC	2	6	11201	11206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488054
108	NC_002679	GCC	2	6	11397	11402	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488054
109	NC_002679	GTC	2	6	11442	11447	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488054
110	NC_002679	GTA	2	6	11512	11517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488054
111	NC_002679	GCT	2	6	11544	11549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488054
112	NC_002679	GCC	2	6	11592	11597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488054
113	NC_002679	CAT	2	6	11608	11613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488054
114	NC_002679	GCCG	2	8	11657	11664	0 %	0 %	50 %	50 %	13488054
115	NC_002679	TGC	2	6	11706	11711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488054
116	NC_002679	ATC	2	6	11715	11720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488054
117	NC_002679	TGC	2	6	11735	11740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488054
118	NC_002679	CCG	2	6	11794	11799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488054
119	NC_002679	GGAAA	2	10	11843	11852	60 %	0 %	40 %	0 %	13488054
120	NC_002679	CG	3	6	12350	12355	0 %	0 %	50 %	50 %	13488181
121	NC_002679	TGC	2	6	12404	12409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
122	NC_002679	CTA	2	6	12426	12431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488181
123	NC_002679	CCA	2	6	12441	12446	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488181
124	NC_002679	CGT	2	6	12474	12479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
125	NC_002679	ACT	2	6	12504	12509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488181
126	NC_002679	CGA	2	6	12537	12542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488181
127	NC_002679	GGAA	2	8	12572	12579	50 %	0 %	50 %	0 %	13488181
128	NC_002679	A	6	6	12596	12601	100 %	0 %	0 %	0 %	13488181
129	NC_002679	GCC	2	6	12628	12633	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488181
130	NC_002679	GCTT	2	8	12734	12741	0 %	50 %	25 %	25 %	13488181
131	NC_002679	TCGCGT	2	12	12747	12758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
132	NC_002679	CCG	2	6	12770	12775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488181
133	NC_002679	GCA	2	6	12796	12801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488181
134	NC_002679	AGC	2	6	12818	12823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488181
135	NC_002679	TGC	3	9	12870	12878	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
136	NC_002679	CCACA	2	10	12925	12934	40 %	0 %	0 %	60 %	13488181
137	NC_002679	TG	3	6	12957	12962	0 %	50 %	50 %	0 %	13488181
138	NC_002679	ATC	2	6	12985	12990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488181
139	NC_002679	GCC	2	6	13099	13104	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488181
140	NC_002679	GTT	2	6	13111	13116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488181
141	NC_002679	TGC	2	6	13137	13142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
142	NC_002679	CCG	2	6	13255	13260	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488181
143	NC_002679	AAGG	2	8	13315	13322	50 %	0 %	50 %	0 %	13488181
144	NC_002679	GCTGGC	2	12	13338	13349	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	13488181
145	NC_002679	GTC	2	6	13375	13380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488181
146	NC_002679	GACA	2	8	13486	13493	50 %	0 %	25 %	25 %	13488182
147	NC_002679	GATCA	2	10	13576	13585	40 %	20 %	20 %	20 %	13488182
148	NC_002679	TCCGA	2	10	13634	13643	20 %	20 %	20 %	40 %	13488182
149	NC_002679	GCC	2	6	13652	13657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488182
150	NC_002679	ATG	2	6	13776	13781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	13488182
151	NC_002679	TCG	2	6	13782	13787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488182
152	NC_002679	ACC	2	6	13964	13969	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	13488182
153	NC_002679	TAA	2	6	14058	14063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	13488182
154	NC_002679	CTG	2	6	14120	14125	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488182
155	NC_002679	TTCG	2	8	14187	14194	0 %	50 %	25 %	25 %	13488182
156	NC_002679	GCA	2	6	14207	14212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488182
157	NC_002679	TGG	2	6	14269	14274	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	13488182
158	NC_002679	TTC	2	6	14297	14302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	13488182
159	NC_002679	TGC	2	6	14347	14352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488182
160	NC_002679	GTG	2	6	14390	14395	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	13488182
161	NC_002679	GAC	2	6	14549	14554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488182
162	NC_002679	GAC	2	6	14809	14814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488183
163	NC_002679	CAT	2	6	14824	14829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488183
164	NC_002679	GGATT	2	10	14834	14843	20 %	40 %	40 %	0 %	13488183
165	NC_002679	GCC	2	6	14893	14898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488183
166	NC_002679	GAC	2	6	15072	15077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488183
167	NC_002679	CGA	2	6	15160	15165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488183
168	NC_002679	GGC	2	6	15172	15177	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488183
169	NC_002679	AGC	2	6	15231	15236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488183
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172	NC_002679	GGA	2	6	15343	15348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	13488183
173	NC_002679	GTTT	2	8	15373	15380	0 %	75 %	25 %	0 %	13488183
174	NC_002679	CG	4	8	15415	15422	0 %	0 %	50 %	50 %	13488183
175	NC_002679	CCG	2	6	15552	15557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488183
176	NC_002679	CGG	2	6	15562	15567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488183
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182	NC_002679	CTT	4	12	15823	15834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	13488184
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248	NC_002679	CTG	2	6	19256	19261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	13488187
249	NC_002679	ACG	2	6	19302	19307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488187
250	NC_002679	CGG	2	6	19339	19344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488187
251	NC_002679	GGC	2	6	19373	19378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488187
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254	NC_002679	GAA	2	6	19673	19678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	13488187
255	NC_002679	ATGGGC	2	12	19691	19702	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	13488187
256	NC_002679	TTG	2	6	19778	19783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488187
257	NC_002679	GAA	2	6	19853	19858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	13488187
258	NC_002679	GGCG	2	8	19957	19964	0 %	0 %	75 %	25 %	13488187
259	NC_002679	CGA	2	6	19987	19992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488187
260	NC_002679	TCC	2	6	20715	20720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488188
261	NC_002679	CA	3	6	20723	20728	50 %	0 %	0 %	50 %	13488188
262	NC_002679	TGT	2	6	20771	20776	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	13488188
263	NC_002679	GGT	2	6	20777	20782	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	13488188
264	NC_002679	CAT	2	6	20792	20797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488188
265	NC_002679	CTGT	2	8	20835	20842	0 %	50 %	25 %	25 %	13488188
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267	NC_002679	GT	3	6	20847	20852	0 %	50 %	50 %	0 %	13488188
268	NC_002679	GGGT	2	8	20895	20902	0 %	25 %	75 %	0 %	13488188
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272	NC_002679	GGC	2	6	21218	21223	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488188
273	NC_002679	CGG	2	6	21239	21244	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	13488188
274	NC_002679	TGTGC	2	10	21261	21270	0 %	40 %	40 %	20 %	13488188
275	NC_002679	G	6	6	21287	21292	0 %	0 %	100 %	0 %	13488188
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279	NC_002679	CA	3	6	21434	21439	50 %	0 %	0 %	50 %	13488188
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285	NC_002679	CTTCG	2	10	21621	21630	0 %	40 %	20 %	40 %	13488188
286	NC_002679	CAGT	2	8	21632	21639	25 %	25 %	25 %	25 %	13488188
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292	NC_002679	CG	3	6	22540	22545	0 %	0 %	50 %	50 %	13488055
293	NC_002679	CGA	2	6	22553	22558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	13488055
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379	NC_002679	TGGC	2	8	27615	27622	0 %	25 %	50 %	25 %	13488056
380	NC_002679	GAG	2	6	27655	27660	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	13488056
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382	NC_002679	CGC	2	6	27907	27912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	13488056
383	NC_002679	ATC	2	6	27945	27950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	13488056
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387	NC_002679	CGGCG	2	10	28826	28835	0 %	0 %	60 %	40 %	13488057
388	NC_002679	GC	3	6	28845	28850	0 %	0 %	50 %	50 %	13488057
389	NC_002679	TCC	2	6	28919	28924	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	13488057
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